На территории Донского кладбища находился Донской крематорий, куда привозили для сожжения тела расстрелянных.
1-й Московский крематорий на территории Нового Донского кладбища был открыт 6 октября 1927 года.
Документально подтвержденные кремации расстрелянных начинаются с 1934 г. Но не исключено, что производились они тайно уже с начала 1930-х годов, а возможно и с момента открытия крематория.
Изначально в Москве планировалось организовать четыре крематория, но в 1930 году обсуждали только строительство второго. В газете «Рабочая Москва» 5 августа 1930 г. вышла заметка «Постройка второго крематория»:
«Президиумом Моссовета окончательно решен вопрос о постройке в Москве второго крематория. На днях специальная комиссия, обследовавшая места для нового крематория, нашла наиболее подходящим территорию Лазаревского кладбища. Второй крематорий будет более усовершенствован, чем первый».
В январе 1931 года были подведены итоги конкурса по составлению проекта второго крематория, на котором был представлен 21 проект. Жюри конкурса присудило 1-ю премию П. С. Дублицкому (Ленинград), 2-ю премию — архитектору В. А. Дьяконову и Зинсеву (Москва), 3-ю — архитектору Тарасову и студенту Хилшкашвили (Москва). Стоимость сооружения крематория по проекту П. С. Дублицкого составляла 400 тыс. руб. А пуск в эксплуатацию второго крематория был намечен на 1932 г. В связи с этим предполагалось закрытие большинства московских кладбищ и превращение их территории в парки. («Вечерняя Москва». № 22 (27 января). 1931 г. 2 пол.)
Через три года та же «Вечерняя Москва» (№ 8 (9 января) 1934 г.) писала:
В связи с ликвидацией Лазаревского кладбища, на территории которого строится второй крематорий, ряд могил решено перенести на Ново-Девичье кладбище. Будут перенесены могилы декабристов, известного русского зодчего Назарова и т. д.
О втором крематории упоминает Эм. Цейтлин в статье «Огонь и прах» («Вечерняя Москва». № 34 (10 февраля) 1934 г.). А в рубрике «Московский день» в «Вечерней Москве» 2 апреля 1934 г. появилась маленькая заметка «Электропечь в крематории», в которой говорилось:
«В Москве на бывшем Лазаревском кладбище строится второй крематорий. В нем предполагается установить первую в СССР электрокремационную печь. Опытная кремация в Ленинграде показала хорошие качества электропечи. Процесс сжигания происходит быстрее, чем в обычных печах германского типа. К 1 октября для второго крематория электропечь будет сделана»
Но уже летом 1934 г. территорию Лазаревского кладбища решили отдать под парк. Однако произошло нечто: вырубили свыше 300 (!) деревьев. Действия, видимо, не были санкционированы руководящими органами, так как президиум Моссовета снял с работы и отдал под суд инспектора Треста зеленого строительства Бурова. Его осудили на год принудительных работ. Строгий выговор был объявлен руководителю Треста зеленого строительства Воловичу, управляющему Мосремонтом Марцинковскому, управляющему Мосжилстроем Шурыгину и директору крематория Нестеренко («Вечерняя Москва». № 148 (29 июня) 1934 г.). Казалось бы, при чем здесь директор крематория?
Информация о строительстве второго крематория мелькает и в архивных документах вплоть до 1939 г. Однако тогда здание по каким-то причинам построено не было.
В 1936–37 гг. тела большинства расстрелянных по приговорам судебных органов направляли на кремацию. Так как в Москве существовал только один крематорий, можно утверждать, что все они производились на территории Донского кладбища.
Арестованный в 1941 г. директор крематория Петр Иванович Нестеренко (1885–1942) на следствии утверждал: «…После сжигания пепел расстрелянных участников процессов мною лично закапывался в специально отведенном месте во дворе крематория» (ЦА ФСБ РФ. Р-45314).
В период репрессий на территории Нового Донского кладбища были погребены М. Н. Тухачевский, В. К. Блюхер, И. Э. Якир, П. П. Постышев, Е. К. Миллер, В. Э. Мейерхольд, И. Э. Бабель и др.
Память о погибших увековечена на Донском кладбище на могилах невостребованных прахов. Общего памятника жертвам политического террора нет, есть несколько общих могил. На территории современного Нового Донского кладбища, в северной его части, в наши дни находятся три таких могилы: первая датируется "с 1930 г. - 1942 г. включ.", вторая: "с 1943 г. – 1944 г. включ.", третья – "1945-1989". Первые две находятся в непосредственной близости друг от друга, на некотором отдалении от них - "общая могила № 3". Места захоронений оформлены в виде цветников, облицованных серым гранитом, с небольшим камнем в центре с надписью: "могила невостребованных прахов" (с указанием номера могилы и дат захоронений).
Первые памятные знаки жертвам политических репрессий на территории Донского монастыря появились в начале 1990-х. По инциативе московских общественных групп по увековечению памяти жертв политических репрессий были созданы несколько памятных знаков. В августе 1991 на "общей могиле № 1" - гранитная плита с надписью "Здесь захоронены останки невинно замученных и расстрелянных жертв политических репрессий 1930-1942. Вечная им память!". Впоследствии на кладбище появились многочисленные памятники и памятные знаки, как коллективные, так и личные. В сентябре 1994 у "могилы № 3" - плита с надписью "Павшим жертвам политических репрессий. 1945-1952. Вечная память". В январе 1996 здесь же была обустроена мемориальная площадка и установлены стелы с именами 17 партийных и комсомольских работников Ленинграда, расстрелянных в Москве по "Ленинградскому делу". Из коллективных памятников жертвам политических репрессий на мемориальной площадке также установлены: стела советским военнослужащим, стела крымским военным и государственным деятелям; в 2004 - мемориал руководителям и членам Еврейского антифашистского комитета, расстрелянным в 1952. Впоследствии рядом появились памятники иностранным гражданам, ставшим жертвами советского политического террора: австрийский (2008), венгерский (1994), немецкий (2005), польские (1994), японский и ряд других. На всех трех "захоронениях невостребованных прахов" размещены многочисленные личные памятные знаки: таблички, стелы, символические надгробья. Коллективные памятные церемонии проходят 30 октября, в День памяти жертв политических репрессий. Кладбище посещают официальные иностранные делегации.
Списки лиц, расстрелянных по политическим обвинениям, кремированных и захороненных на Донском кладбище, приводятся приводятся в виде кратких биографических справок на 5068 человек.