Биографические справки о расстрелянных составлены в Центральном архиве Федеральной службы контрразведки РФ (ниже — ЦА ФСК). Работа над справками является частью более общей работы по реабилитации, которая с 1989 г. ведется архивными службами ФСК во исполнение Указа Президиума Верховного Совета СССР «О дополнительных мерах по восстановлению справедливости в отношении жертв репрессий, имевших место в период 30-40-х и начала 50-х годов» от 16.01.1989 г., Указа Президента СССР «О восстановлении прав всех жертв политических репрессий 20—50-х годов» от 13.08.1990 г. и Закона РСФСР «О реабилитации жертв политических репрессий» от 18.10.1991 г.
приводятся сведения о более чем тысяче человек, обвиненных в антисоветской, контрреволюционной деятельности, приговоренных к расстрелу и захороненных на Ваганьковском кладбище после приведения приговора в исполнение. Причем известны имена только тех, кто позже был реабилитирован, то есть реальное число захоронений может быть выше.
О точном месте захоронений сообщил сын одного из репрессированных, М. Ф. Горячев, который ссылается на слова генерал-майора КГБ Прилукова, руководившего работами по рассекречиванию архивов КГБ. Тайные захоронения проходили ночью на дальнем 58-м участке кладбища в овраге (в русле Ваганьковского ручья, Студенца, заключенного в коллектор). Факт ночных погребений подтверждает Георгий Илларионович Медведев, внук обновленческого архиепископа Георгия Жука, настоятеля кладбищенского храма в то время. Семья настоятеля проживала в подвале под храмом, один из сыновей работал могильщиком. Ночью его часто будили и отправляли хоронить тела на 6-й разряд кладбища, который соответствует современным 50-м участкам.
В книге «Священное Ваганьково» говорится о том, что могильщики, рывшие здесь могилы в более позднее время, находили вдоль всего оврага на глубине 0,5–1 м большое количество человеческих останков, которые они называли «расстрелкой».
На кладбище есть памятные знаки: большой каменный обелиск при входе на кладбище и крест у входа в храм.